Mycobacterium canettii est une bactérie du complexe tuberculosis isolée pour la première fois par Georges Canetti en 1969. Sa particularité est l'aspect lisse des colonies en culture, la distinguant des autres espèces du complexe tuberculosis. Par ailleurs, elle présente une grande diversité génétique, bien supérieure à celle de M. tuberculosis. Les récentes études de génomique placent M. canettii comme l'ancêtre commun des mycobactéries. Contrairement à M. tuberculosis, le réservoir et le mode de transmission de M. canettii restent totalement inconnus et l'hypothèse d'un réservoir environnemental est la plus souvent évoquée.

En 2015, on recense une centaine de souches de M. canettii dans la littérature. Les descriptions cliniques d'infections à M. canettii sont dominées par les localisations pulmonaires (52 %) et extra thoraciques avec un fort tropisme ganglionnaire (32 %) essentiellement observées chez des patients ayant séjourné dans la Corne de l'Afrique, en particulier à Djibouti.

Les arguments cliniques, radiologiques et histologiques ne sont pas spécifiques de la tuberculose et le diagnostic de certitude repose sur la mise en évidence de M. canettii dans les prélèvements. Les techniques de détection moléculaire réalisées directement sur prélèvements ne permettent que le diagnostic du complexe tuberculosis. C'est la culture qui permet d'identifier M. canettii précisément et fournit le matériel nécessaire à la réalisation de l'antibiogramme. L'identification peut se faire par des caractères phénotypiques mais de plus en plus moléculaires ou par spectrométrie de masse. Le traitement est identique à celui de M. tuberculosis, aucun cas de résistance n'ayant été décrit dans la littérature.

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